菏泽市方志馆是院下属事业单位，位于市图书馆四楼。负责保存和管理各类志书、地方文献、年鉴、地情资料书记；征集整理本地各类史志资料、地方文献、古籍旧志，开展旧方志整理点校出版工作；为社会各界提供咨询服务；与省内外方志馆进行业务信息交流，开展方志学术研究。