菏泽市方志馆是院下属事业单位，位于市图书馆四楼。负责保存和管理各类志书、地方文献、年鉴、地情资料书记；征集整理本地各类史志资料、地方文献、古籍旧志，开展旧方志整理点校

负责全院日常工作的组织协调和综合服务，文电处理、秘书事务、保密保卫、人事劳资、资产财务、档案管理和后勤管理工作，协助领导对重要工作进行综合协调、督促检查。

负责党史、史志志书、史书资料书等的收集、整理、保管、利用等工作，承担《菏泽年鉴》的编辑加工和总纂发行工作。

主要负责制定全市党史、史志宣传和革命传统教育的方案、计划，协调、指导全市党的历史、革命传统和爱国主义宣传教育工作，协助开展涉党史意识形态舆情研判，开展反对历史虚无主

负责菏泽党史资料的征集、整理、研究、编纂工作, 协调和指导各县（区）及市直有关单位地方党史资料征编工作，负责菏泽党史学会的日常工作，组织开展党史理论研讨和其他学术交流

拟定市志编纂方案并督导组织实施，承担志书、年鉴、资料书的编辑加工工作，承担《菏泽大事记》的编辑加工和总纂以及地市情网站编辑工作。

负责县区、市直部门各类党史、史志志书的编纂指导工作。